Narodni muzej se nahaja v isti stavbi, kot tudi Prirodoslovni muzej Slovenije. Prirodoslovni muzej je zadolžen in se ukvarja z ohranjanjem, proučevanjem in komuniciranjem z nematerialno in materialno naravno dediščino. Ustanovo sestavljajo botanične, geološke in zoološke zbirke, ki vam odlično predstavijo svoja področja. Muzej deluje na principu zbiralne politike, ki pravi, da se načrtno zbira kulturna dediščina narave, v večjem delu na ozemljih Republike Slovenije. Prirodoslovni muzej pa se ukvarja tudi z zbiranjem gradiva, ki je s svojo vsebnostjo in dediščino izjemno pomemben za slovensko ozemlje. Ustanova premore mnogo zaposlenih, ki so izjemno izobraženi ter priznani strokovnjaki na svojih področjih.
Muzej se deli na več oddelkov, vsak pa je zadolžen za svojo tematiko in obdobje. Tako Prirodoslovni muzej premore upravo, kustodiat za botaniko, geologijo, vretenčarje in nevretenčarje, tehnično službo, oddelek za stike z javnostjo, specialno knjižnico in alpski botanični vrt. Prirodoslovni muzej temelji na prej omenjenih štirih kustodiatih, ki preučujejo svoja področja. Kustodiat za botaniko se tako ukvarja z raziskovanjem in zbiranjem zgodovine slovenske botanike, urejanjem in obdelavo herbarijskih zbirk in zbiranjem in ohranjanjem podatkov o botanikih, ki so avtorji zbirk in herbarijev. Kustodiat za geologijo se ukvarja z ohranjanjem, zbiranjem in dokumentiranjem geološke dediščine. Kustodiata za vretenčarje in nevretenčarje pa preučujeta in raziskujeta vse podatke in dediščino iz svojih področij. Prirodoslovni muzej premore tudi trgovino, kjer si lahko ogledate izjemno široko in pestro ponudbo CD in DVD zgoščenk ter vstopnic za različne dogodke, majice, publikacije in ostale izdelke, ki so v povezavi z ustanovo. Obiščite Prirodoslovni muzej, saj slednji ponuja oglede za večje skupine, vrtce ali šole ter tudi samostojne goste.